O Secretariado inclui o Diretor Geral e o conjunto do pessoal repartido em duas categorias: lugares do quadro orgânico e lugares do quadro de serviço e de bureau.
Em 2009, a UNESCO contava com cerca de 2 000 funcionários originários de 170 países. Mais de 700 pessoas trabalham num dos 65 escritórios fora da sede no mundo inteiro.
O Secretariado é constituído por:
Gabinete do Diretor Geral
Setores de Programa – Educação, Ciências Exatas e Naturais, Ciências Sociais e Humanas, Cultura, Comunicação e Informação
Setores de apoio – Relações Externas e da Informação do Público
Administração
Serviços centrais
Secretariado dos órgãos diretivos
Gabinete das normas internacionais e dos assuntos jurídicos
Serviço de avaliação e auditoria
Bureau da ética
Bureau da planificação estratégica
Bureau da gestão dos recursos humanos
Bureau de coordenação das unidades fora da sede
Bureau da gestão financeira
Departamento África
Secretariado do Prémio Félix Houphouët-Boigny para a procura da paz
Escritórios fora da Sede
Institutos e Centros da UNESCO